中午以后，蔣經(jīng)國沒起來吃飯，蔣孝勇還進房間探視了一會兒，看他已入睡，便離開寓所。沒想到中午12點左右，據(jù)副官翁元說，睡夢中醒來的蔣經(jīng)國先問了兒女在哪里，又召神志不甚清明的蔣孝文來探視，但也沒說什么。12時 50分左右，蔣經(jīng)國在病榻上作勢要吐，接著大口吐出鮮血，連續(xù)幾次后，蔣經(jīng)國倒臥床上，沒有留下任何一句話，再也沒醒過來。

醫(yī)療小組雖立刻趕往臥房搶救，注射強心針，但已無法讓蔣經(jīng)國好轉(zhuǎn)。蔣孝勇趕到現(xiàn)場后，跪下來磕了三個頭，于下午3時50分決定放棄搶救，由他通知“行政院”院長俞國華、“參謀總長”郝柏村，蔣經(jīng)國秘書王家驊則通知蔣孝武及秘書長沈昌煥、國民黨副秘書長宋楚瑜與“五院”院長等人，黨國大佬隨后紛紛抵達七海。

蔣孝勇則前往士林官邸迎接宋美齡，約5點多鐘抵達七海探視。宋美齡慰問傷心的蔣方良，并接見前來悼問的黨政大員后，隨即離開七海官邸。至于李登輝，則剛好在外有行程，聽聞訊息，隨即趕往七海。

由于蔣經(jīng)國來不及留下遺囑，蔣孝勇決定如蔣介石先例，臨時由秘書王家驊代筆，依蔣經(jīng)國先前于元月5日的口頭交代，寫出遺囑，讓“五院”院長簽字；雖然沈昌煥反對，但在蔣孝勇強調(diào)對民眾不能沒有交代的狀況下，還是把遺囑寫了下來。其用紙也非“總統(tǒng)”用箋，而是一般民間常見的稿紙。

蔣方良也并未如蔣介石逝世的前例，以家屬身份在遺囑上簽名，而是僅有李登輝、俞國華、倪文亞、林洋港、孔德成、黃尊秋、蔣孝勇的簽名，并由王家驊署名謹(jǐn)記。

根據(jù)醫(yī)療小組日后公布的病情公報，蔣經(jīng)國的死因是末期糖尿病引發(fā)的腸胃自主神經(jīng)合并癥，導(dǎo)致心臟因大量內(nèi)出血而停止跳動。經(jīng)現(xiàn)場人士商議后，當(dāng)天晚上8時，國民黨召開臨時中常會，確定并宣布蔣經(jīng)國遺缺由李登輝繼任，并由“司法院”院長林洋港監(jiān)誓。臺灣從此步入了后蔣時代的新紀(jì)元。

蔣經(jīng)國逝世，余波蕩漾

蔣經(jīng)國身后，爭議并沒有減少，反而因為強人消失，導(dǎo)致各種沖突不斷。就家事而言，由于蔣經(jīng)國臥病多年，始終沒有聽說曾立遺囑，因此蔣經(jīng)國到底有無遺囑，甚至有無意愿留遺囑，都成了“羅生門”。尤其遺囑中家屬簽名系由蔣孝勇代簽，也引發(fā)當(dāng)時人在海外的蔣孝武的不滿，回臺后甚至與蔣孝勇釀生不悅，質(zhì)疑蔣經(jīng)國之死是否因醫(yī)療疏失。學(xué)界也曾質(zhì)疑蔣孝勇把蔣經(jīng)國晚年文件與日記自行保留的做法。

倒是據(jù)章孝嚴(yán)轉(zhuǎn)述，早在蔣經(jīng)國過世后隔天，蔣孝勇駕車載著秦孝儀赴頭寮勘察陵寢，秦孝儀在車上告訴蔣孝勇，蔣經(jīng)國過世前曾囑咐他與俞國華，希望讓章孝嚴(yán)、章孝慈兄弟認祖歸宗。因此16日晚間，蔣孝勇即帶領(lǐng)章孝嚴(yán)兄弟赴榮總懷恩堂，向蔣經(jīng)國遺體行大禮，兄弟三人泣不成聲，前后長達六分鐘。

政事方面，蔣經(jīng)國故去后，移靈榮總懷遠堂，隨后則移往忠烈祠供各界瞻仰。他的遺體著黑色長袍馬褂，腳穿軟底布鞋，放在有亞克力頂蓋的靈柩中供民眾瞻仰。在他剛過世的 13天里，李登輝每天上班前，都會到他靈前祭拜。畢竟以當(dāng)時的形勢，李登輝雖已繼任，但蔣家勢力仍在，他難保不是下一個嚴(yán)家淦，攻防關(guān)鍵就在李登輝是否能順利接任國民黨代理主席之職。

七海官邸固然已隨蔣經(jīng)國步下政治舞臺，士林官邸卻在集結(jié)最后一擊的努力。據(jù)蔣孝勇的說法，當(dāng)時住在士林官邸的宋美齡，受到宋藹齡子女等孔家勢力影響，主張國民黨無須選出代理主席，由中常委輪流主持中常會之集體領(lǐng)導(dǎo)模式即可。

在官邸派鼓吹下， 90歲高齡的宋美齡于 1月 26日通過蔣孝勇寫了封專函給國民黨秘書長李煥，落款用毛筆寫著“蔣宋美齡”。官邸派主張，按黨章，中常會無權(quán)推舉代理主席，應(yīng)延到當(dāng)年7月黨內(nèi)十三全會再議。據(jù)說蔣孝勇同樣向當(dāng)時的“行政院”院長俞國華轉(zhuǎn)達了相關(guān)看法。