北大學生得知蔡元培辭職的消息后，立即召集代表會議，議決致函傅增湘，要求“萬勿允準辭職”，“以維學務而平輿情”。

北大教職員亦召開全體會議，作出“如蔡不留，即一致總辭職”的決議，并推舉李大釗、馬敘倫、馬寅初等8人為代表赴教育部，要求政府挽留蔡先生。

在聲勢浩大、長達數(shù)月的北大師生的挽留中，蔡元培又回了北大。但改革之初的甜蜜和寧靜仿佛不復再有，改革巔峰的繁華和美景也仿佛不復再有。

許多年之后，蔡元培在《我在北京大學的經(jīng)歷》一文中寫道：我對于學生運動素有一種成見，以為學生在學校里面應以求學為第一目的，不應有何等政治的組織。年在20歲以上者，對于組織有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。

蔡元培認為，學生在大學里，研究學問始終是第一位的，始終不愿學生涉足政治。正如前文所提，早在1917年1月9日，他在北大發(fā)表首次演說就提到：“大學是研究高深學問的地方，學生進大學不應仍抱科舉時代思想，以大學為取得官吏資格之機關。應當以研究學術為天責，不當以大學為升官發(fā)財之階梯。必須抱定為求學而來之正大宗旨，才能步入正軌?！?/p>

他本人在北大也不想涉足政治。1917年3月15日，蔡元培擔任北大校長不久，在寫給汪精衛(wèi)的信里說：“弟進京后，受各政團招待時，竟老實揭出不涉政界的決心。”1918年1月14日，他寫信給吳稚暉：“弟雖在京師，然誓不與聞政治，至今已成習慣，惟校務太忙，無暇讀書，亦終日為人役耳?！?925年5月13日，他給胡適回信：“承示北大當確定方針，純從研究學問方面進行，弟極端贊同?！彼f的是肺腑之言，也是他一直想做的，卻因時局的動蕩，始終沒有做到。

1924年12月4日，他給北大畢業(yè)的傅斯年、羅家倫寫信，口口聲聲自稱“弟”，而不是以師長自居，說到北大，他說：“校中同人往往誤以‘天之功’一部分歸諸弟，而視弟之進退為有重要之關系。在弟個人觀察實并不如此……然弟始終注重在‘研究學術’方面之提倡，于其它對外發(fā)展諸端，純?nèi)挥扇舾山虇T與若干學生隨其個性所趨而自由申張，弟不過不加以阻力，非有所助力也……現(xiàn)在如國學研究所等，稍稍有‘研究’之雛形者，仍恃有幾許教員、幾許學生循其個性所趨而自由申張，弟亦非有所助力也。”

他說自己研究學術的興趣隨年而增加，所以也鼓勵學生研究學術。但他從不主張學生死讀書，而是支持學生參加各種社團活動。認為通過學生自治，“由學生傳之各地方，一定可以提起國民自治的精神”。傅斯年、羅家倫以后分別做過北大、清華的校長， 當年都是學生社團的積極分子，也是五四游行的發(fā)起者。

提倡學生參與社團，蔡元培還有一個用意，就是針對腐敗的舊習慣。他在《我在教育界的經(jīng)驗》中自述：提倡進德會（此會為明國元年吳稚暉、李、張溥泉、汪精衛(wèi)諸君發(fā)起，有不賭、不嫖、不娶妾的三條基本戒；又有不作官吏、不作議員、不飲酒、不食肉、不吸煙的五條選認戒），以挽奔競及游蕩的舊習；助成體育會、音樂會、畫法研究會、書法研究會，以供正當?shù)南?；成立消費公社、學生銀行、校役夜班、平民學校、平民講演團與《新潮》等雜志，以發(fā)揚學生自動的精神，養(yǎng)成服務社會的能力。

據(jù)當年的學生顧頡剛后來回憶：“北大學生本來毫無組織，蔡先生來后，就把每班的班長召來，勸他們每一系成立一個學會……靠了蔡先生的敦促和領導，以及學校在經(jīng)費上的幫助，許多會居然組織起來了。不但每系有會，而且書法研究會、畫法研究會、音樂會、辯論會、武術會、靜坐會……校中盡有消遣的地方，打牌聽戲的興致也就減少了許多。”