1881年，馬相伯赴高麗任國王新政的顧問，他成功說服王妃派少年皇子出國留學(xué)以適應(yīng)新的時(shí)代。可是不久后高麗親日派大臣政變，親中的王妃被處以極刑，馬相伯無功而返。1885年，馬相伯協(xié)同弟弟馬建忠處理招商局事務(wù)，此時(shí)正值中法戰(zhàn)爭，法方封鎖了所有清廷船只往來公海。馬氏兄弟為保證招商局利益，采取把船只抵押給美資商行、事后再贖回的變通之舉。這件事讓馬氏兄弟首次背上了漢奸的罵名。1886年，馬相伯奉李鴻章之命赴美借款建設(shè)海軍，原本計(jì)劃借款2500萬，沒想到美國銀行趨之若鶩，竟有6億資金愿意借出。因?yàn)閿?shù)額太大，條件太優(yōu)惠，李鴻章反被朝廷懷疑，只好作罷。馬相伯無計(jì)可施，只能偷偷溜走。

1896年，馬建忠參與《馬關(guān)條約》的談判，全中國的百姓都唾罵他們，認(rèn)為馬氏兄弟是賣國賊，甚至說他們是李鴻章的私生子，或者本來就是外國人，因?yàn)樗麄兪翘熘鹘掏剑視?huì)說多門外語。他們因此成了千古罪人。

培育人才以強(qiáng)國

1886年赴美借款回國之前他去了一趟歐洲，訪問了歐洲幾所著名學(xué)府。此次歐美之行，“歐美之強(qiáng)盛，我國之厚弱”深深地刺激了他。由此，他認(rèn)識(shí)到，“自強(qiáng)之道，以作育人才為本；求才之道，尤宜以設(shè)立學(xué)堂為先”。從事中國教育事業(yè)，既非馬相伯的初衷，亦非他早年的興趣。他先是接受了長達(dá)19年的耶穌會(huì)的西方教育，精通拉丁、希臘、英、法、意等多國語言，在30歲那年成為司鐸神甫；之后，一方面，他和外來神甫產(chǎn)生沖突，另一方面，兄長馬建勛在官場上的發(fā)達(dá)，使他對(duì)獻(xiàn)身教會(huì)產(chǎn)生了動(dòng)搖。

從政10年一事無成，反而背上漢奸的罵名，在對(duì)政治心灰意冷之際，兩件事情像壓垮駱駝的最后那根稻草，終于壓垮了他。1893年，馬相伯的妻子帶著大兒子回山東老家探親，雙雙死于海難；兩年后，他的母親沈氏去世，臨終時(shí)尚說“我的兒子是神甫，你既已不是神甫，我亦不認(rèn)你是我的兒子”。

58歲這一年，馬相伯可能真的看破了天命。1897年，他決定重返教會(huì)，將尚未成年的一兒一女交給教會(huì)撫育，自己則回到徐家匯隱修，并做了一生中最驚人的一件事：將繼承自長兄的松江、青浦等地的3000畝田產(chǎn)捐獻(xiàn)給耶穌會(huì)，作為創(chuàng)辦“中西大學(xué)堂”的基金，且立下字據(jù)，“自獻(xiàn)之后，永無反悔”。從某種程度上說，這是重返教會(huì)的交換條件，也是他自認(rèn)命不久矣、亟須完成辦學(xué)愿望的破釜沉舟之舉。他沒有料到的是，以后還有40年的時(shí)間為教育奉獻(xiàn)一切。馬相伯的余生似乎就要在幽靜的天主堂中，伴隨神的密諭度過。此時(shí)難以預(yù)料，他對(duì)中國所負(fù)的真正使命竟是在耳順之年才會(huì)到來。

既然是作為重返教會(huì)的交換條件，耶穌會(huì)就沒把辦學(xué)當(dāng)成一回事。1898年，參與新政的梁啟超邀請(qǐng)馬相伯主持建立一個(gè)譯學(xué)館，選址在上海。但是，計(jì)劃還沒實(shí)施，“百日維新”就夭折了。幾年后，辦學(xué)的契機(jī)才再次出現(xiàn)。1903年，馬相伯已經(jīng)是一位老人，隱居在耶穌會(huì)的一所孤兒院內(nèi)。時(shí)任南洋公學(xué)特班總教習(xí)的蔡元培找到了馬相伯，希望馬相伯教他拉丁文。馬相伯說，你已人過中年，一個(gè)人學(xué)沒用，不如找些年輕人一起學(xué)。于是，蔡元培找了24名學(xué)生，跟馬相伯一起學(xué)拉丁文，教授的科目也從拉丁文擴(kuò)展到數(shù)學(xué)、哲學(xué)。當(dāng)時(shí)，蔡元培感到馬相伯年事已高，上下樓梯很不方便，就請(qǐng)人安裝了一個(gè)小電梯，從一樓裝到三樓，電梯門正對(duì)著馬相伯的客廳。日后這些學(xué)生和他們的老師一樣名聲赫赫：黃炎培、李叔同、胡敦復(fù)（清華學(xué)堂首任教務(wù)長）、邵力子……

這個(gè)小學(xué)習(xí)班，使馬相伯名聲遠(yuǎn)揚(yáng)，各地青年紛紛前來求學(xué)；同時(shí)，南洋公學(xué)（上海交通大學(xué)前身）鬧學(xué)潮，百余名學(xué)生集體退學(xué)，無學(xué)可上—這樣一來，既然有需求，又有了之前捐獻(xiàn)給教會(huì)的創(chuàng)辦“中西大學(xué)堂”的基金，辦學(xué)堂就成了順?biāo)浦鄣氖隆?903年，震旦學(xué)院成立，馬相伯自任監(jiān)院（即院長）。