這一時期，王云五的創(chuàng)新勁頭十足，他不但發(fā)明了檢字法，還創(chuàng)制了中外圖書統(tǒng)一分類法。中文古籍圖書一般按照經(jīng)史子集的類別來分，可是隨著現(xiàn)代圖書的增多，這種分類方式無疑已經(jīng)落伍?，F(xiàn)代圖書和西文書是按照西方圖書館學建立的學科分類的，其中以杜威分類法應用最廣。王云五提出西文書就直接用杜威分類法，中文圖書則做個“中西結(jié)合”，他發(fā)明了三個中文符號，在杜威分類法后輔助使用，大大方便了讀者檢索。

作為一個頭腦清晰的文化經(jīng)營者，在推出這兩項發(fā)明后，王云五意識到，該做一件大手筆的事情了。

王云五到商務印書館后，對出書作過三個戰(zhàn)略調(diào)整：一是由以舊學為主，轉(zhuǎn)為以新知為主，大大增加譯著、自然科學的著作；二是由小教育（中小學校教科書）向大教育（各級學校教育和非學校教育）轉(zhuǎn)移；三是猛增出版物數(shù)量，以普及知識、擴大市場、戰(zhàn)勝對手。在此期間，王云五也繼承了商務的傳統(tǒng)，對教科書、工具書的出版不放松，同時每年都組織專家出版各種叢書。

在經(jīng)營的過程中，王云五發(fā)現(xiàn)全國各地對建設公共圖書館頗為熱心，但是可供圖書館選購的圖書有限，而且價格也較高。聯(lián)想到商務每年都出的豐富多樣的叢書，還有自己的兩項發(fā)明，王云五決定出版一套文庫，既可以解決各地圖書館“缺糧食”的問題，又能讓商務賺到錢，兩全其美。

這個整合各種叢書進行分類精選的工程非常龐大，相當于建了一座小型圖書館。這個工程原計劃以“千種叢書”做名字，到出版時王云五命名為《萬有文庫》，由此可見他的思路和雄心。

王云五在《〈萬有文庫〉第一集印行緣起》中寫道：

本文庫之目的，一方在以整個的普通圖書館用書貢獻于社會，一方則采用最經(jīng)濟與實用之排印方法，俾前此一二千元所不能致之圖書，今可三四百元致之。更按拙作中外圖書統(tǒng)一分類法，刊類號于書脊；每種復附書名片，依拙作四角號碼檢字法注明號碼，故由本文庫而成立之小圖書館，只須以認識號碼之一人管理之，已覺措置裕如，其節(jié)省管理之費不下十之七八。

《萬有文庫》本來規(guī)劃10年內(nèi)出3集，共5000種圖書。自1929年起，第一集陸續(xù)出版，工業(yè)、商業(yè)、農(nóng)業(yè)、國學、算學、醫(yī)學等叢書紛紛面世，到1931年出齊。后來因為“一?二八”事變，商務印書館遭到重創(chuàng)，出版計劃稍有停頓。從1935年開始，第二集又逐漸問世。兩集的總字數(shù)驚人，超過3億字。

由于戰(zhàn)爭的原因，第三集沒能如愿出版，不過即使是出了兩集，已經(jīng)創(chuàng)造了出版界的一個奇跡?！度f有文庫》成為當時各地圖書館的館藏，商務印書館因為這一出版項目更是遠近聞名。

對于王云五來說，《萬有文庫》讓商務既賺到錢，又賺到名。更重要的是，他本人的商業(yè)才干展現(xiàn)無遺。善于抓住市場商機固然是高手，而他能夠發(fā)掘潛在市場，讓市場呼應他的想法，這才真是高明之處。

因為《萬有文庫》是王云五進入商務印書館后的第一個大手筆，所以他對這套書是極為看重的。20世紀60年代他出任臺灣商務印書館董事長后，第一個大出版項目就是《萬有文庫薈要》，1977年他又重印《萬有文庫》。