1946年6月26日，國(guó)民黨軍向中原解放區(qū)大舉進(jìn)攻。7月，胡宗南部從晉南北犯，與閻錫山部配合南北夾擊，企圖打通同蒲線南段，占領(lǐng)晉南地區(qū)。陳賡率領(lǐng)四縱在聞喜、夏縣戰(zhàn)役中予敵重創(chuàng)。9月下旬在浮山官雀戰(zhàn)役中，四縱又獲大勝，全殲胡宗南部號(hào)稱“天下第一師”的整編第一旅。楊奇清參與指揮了官雀之戰(zhàn)。他親自深入戰(zhàn)斗第一線，詳細(xì)介紹敵情，進(jìn)行戰(zhàn)前動(dòng)員，部署偵察，巧設(shè)奇陣，深得基層指戰(zhàn)員的擁戴。

1947年，楊奇清調(diào)任中共晉冀魯豫中央局社會(huì)部部長(zhǎng)。他領(lǐng)導(dǎo)全區(qū)保衛(wèi)干部大力開(kāi)展各項(xiàng)工作，與國(guó)民黨特務(wù)進(jìn)行了驚心動(dòng)魄的斗爭(zhēng)，有力地支援了解放戰(zhàn)爭(zhēng)并為勝利后建立人民公安保衛(wèi)機(jī)關(guān)作了必要的準(zhǔn)備。

1948年5月，中共晉冀魯豫中央局和中共晉察冀中央局合并為中共中央華北局。晉冀魯豫中央局社會(huì)部和晉察冀中央局社會(huì)部也合并為華北局社會(huì)部，滕代遠(yuǎn)兼任部長(zhǎng)，許建國(guó)、楊奇清任副部長(zhǎng)。9月，華北局社會(huì)部召開(kāi)晉察冀和晉冀魯豫合并以來(lái)的第一次保衛(wèi)工作會(huì)議。會(huì)議討論并確定華北地區(qū)保衛(wèi)工作的總方針為：健全組織，肅清匪特，鞏固秩序，配合作戰(zhàn)。要求各級(jí)保衛(wèi)機(jī)關(guān)鞏固農(nóng)村面向城市，大力加強(qiáng)治安工作、偵察工作和情報(bào)工作，培訓(xùn)準(zhǔn)備干部，把工作重點(diǎn)轉(zhuǎn)向城市，向全國(guó)革命的勝利邁進(jìn)。

同年10月，中國(guó)人民解放軍華北野戰(zhàn)軍第一兵團(tuán)圍攻山西省城太原，上級(jí)決定由楊奇清出任太原市公安局局長(zhǎng)。他立即選調(diào)了一批城工干部、保衛(wèi)干部和青年學(xué)生進(jìn)行短期訓(xùn)練，初步掌握太原敵情和社會(huì)情況后，開(kāi)赴太原前線。為了檢驗(yàn)同志們對(duì)太原敵情的熟悉程度，他在途中仔細(xì)考問(wèn)這些同志有關(guān)太原各特務(wù)系統(tǒng)主要負(fù)責(zé)人的姓名、特征、住址和其他情況，大大提高了同志們研究分析敵情的積極性。后因平津戰(zhàn)役拉開(kāi)序幕，按中央部署，暫停進(jìn)攻太原，楊奇清奉中央電令離開(kāi)太原前線，仍回華北局社會(huì)部，作進(jìn)入北平的準(zhǔn)備工作。他積極參與中央社會(huì)部部長(zhǎng)李克農(nóng)召開(kāi)的專門(mén)會(huì)議，同譚政文、許建國(guó)等共同籌劃研究進(jìn)城接管的方針、政策和具體做法。據(jù)肖彬回憶，楊奇清隨部隊(duì)轉(zhuǎn)戰(zhàn)南北，她帶著孩子在后方工作。

無(wú)論是在國(guó)內(nèi)革命戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期，還是在抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期和解放戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期，楊奇清一直擔(dān)任我黨我軍保衛(wèi)部門(mén)的重要領(lǐng)導(dǎo)工作。在殘酷、復(fù)雜的對(duì)敵斗爭(zhēng)中，楊奇清堅(jiān)定勇敢，無(wú)私無(wú)畏，對(duì)革命抱有必勝的信念。對(duì)此，作為女兒的楊清十分自豪。