1935年年底，日軍策動(dòng)華北宣布“自治”，成立所謂“冀察政務(wù)委員會(huì)”，其侵華野心進(jìn)一步暴露。一時(shí)間，華北危急，北平危急！

面對(duì)日軍的步步逼近，清華學(xué)生發(fā)起了愛(ài)國(guó)、抗日的一二?九運(yùn)動(dòng)，而此時(shí)的清華領(lǐng)導(dǎo)者們，則在尋求另一條圖存之路——南遷。

就從這一年的冬天開(kāi)始，清華大學(xué)逐漸將一些重要圖書(shū)和科學(xué)儀器秘密轉(zhuǎn)移到漢口，以期將來(lái)能夠方便地運(yùn)到新的校址去。顧毓琇和葉企孫共同承擔(dān)了這一艱難的任務(wù)。由于擔(dān)心轉(zhuǎn)移之事暴露，所有的遷移必須嚴(yán)格保密，運(yùn)輸?shù)姆绞胶吐肪€也都要小心籌劃，以免遭到攔截封鎖。顧毓琇為此做了周密的安排。他找到了自己在麻省理工學(xué)院時(shí)的同學(xué)、時(shí)任平綏鐵路局局長(zhǎng)的沈昌，讓他幫忙安排輸出事宜，又組織得力人員，于夜半時(shí)分將書(shū)籍和儀器悄悄在清華附近的火車站裝車。一番緊鑼密鼓的運(yùn)作之下，這些重要的書(shū)籍、儀器終于躲過(guò)了日軍偵察，從北平安然運(yùn)抵漢口。

與此同時(shí)，時(shí)局愈發(fā)緊張了。隨著日軍鐵蹄日益南下，遷移之事，已迫在眉睫。

承憲康：當(dāng)時(shí)的國(guó)民政府把一些社會(huì)知名人士邀請(qǐng)去開(kāi)“廬山談話會(huì)”，梅校長(zhǎng)、顧先生幾位老先生都去了。這個(gè)會(huì)議中決定要抗戰(zhàn)。這時(shí)候顧先生跟梅校長(zhǎng)就一起決定，第一步要把清華遷到長(zhǎng)沙。

1937年7月7日，七七事變爆發(fā)；7月29日，北平淪陷。時(shí)不我待，清華師生迅速南遷長(zhǎng)沙。在那里，新的校舍已經(jīng)準(zhǔn)備好了。

顧宜凡：在搬過(guò)去之前，先要看校址，我祖父曾經(jīng)陪張伯苓（時(shí)任南開(kāi)大學(xué)校長(zhǎng)）去考察過(guò)，校址是他們決定的。

南遷到長(zhǎng)沙的清華、北大、南開(kāi)三所大學(xué)，于8月奉國(guó)民政府教育部之令，合并為長(zhǎng)沙臨時(shí)大學(xué)。顧毓琇在自己的文字中記錄了在長(zhǎng)沙開(kāi)學(xué)的經(jīng)歷：“我們必須聯(lián)合起來(lái)堅(jiān)持抗戰(zhàn)。9月初，我陪梅校長(zhǎng)到湖南長(zhǎng)沙，準(zhǔn)備接收來(lái)自華北地區(qū)的北大、清華、南開(kāi)三所高校的師生，并為他們提供食宿。我們借了長(zhǎng)沙圣經(jīng)學(xué)院供臨時(shí)大學(xué)師生使用，這里可免遭日軍空襲?！?/p>

10月25日，臨時(shí)大學(xué)正式成立；11月1日，正式開(kāi)課。這所大學(xué)遍集三校名師，又廣泛邀請(qǐng)各界名人來(lái)給學(xué)生演講，號(hào)召大家堅(jiān)持學(xué)習(xí)、堅(jiān)持抗日。但戰(zhàn)火迅速蔓延，長(zhǎng)沙面臨的形勢(shì)也日漸嚴(yán)峻。在僅僅開(kāi)辦了一個(gè)學(xué)期之后，長(zhǎng)沙臨時(shí)大學(xué)決定西退昆明，于昆明正式成立西南聯(lián)合大學(xué)。

顧宜凡：在這之前，他們考慮過(guò)學(xué)生怎樣從長(zhǎng)沙到昆明。聞一多跟我祖父有過(guò)徹夜的長(zhǎng)談，他們建議大家還是徒步行軍從長(zhǎng)沙到昆明。

師生們分三路向昆明進(jìn)發(fā)了，但顧毓琇卻被留了下來(lái)。因?yàn)榫驮诖藭r(shí)，戰(zhàn)時(shí)國(guó)民政府改組，無(wú)黨無(wú)派的顧毓琇被指定出任國(guó)民政府教育部政務(wù)次長(zhǎng)。