在此之前，淮軍也接收過(guò)不少降兵，程學(xué)啟就是最著名的降將，且已被李鴻章倚為干城。太倉(cāng)的太平軍佐將錢(qián)壽仁幾個(gè)月前率兩千多人向淮軍投降，也被接納了，他改名為周壽昌，用降兵組成了昌字營(yíng)?；窜姷慕ㄗ?、玉字、有字、忠字、榮字、群字、義字各營(yíng)，都是太平軍的降軍。但太平軍這次作用不大的詐降，卻把這種信任摧毀了，在后來(lái)的戰(zhàn)爭(zhēng)中，殺俘、殺降，幾乎成了普遍現(xiàn)象，代價(jià)十分巨大。

淮軍上下怒火沖天，求戰(zhàn)之心十分迫切。三月十一日，戈登、李恒嵩率常勝軍趕到，李鴻章遂調(diào)各軍合力進(jìn)攻太倉(cāng)。程學(xué)啟與戈登商量后，派三營(yíng)開(kāi)字營(yíng)兵進(jìn)扎太倉(cāng)西門(mén)外；淮揚(yáng)水師中營(yíng)也集結(jié)在西門(mén)大河上；常勝軍把南門(mén)外的幾座太平軍營(yíng)壘先行摧毀，廓清外圍。

十三日，暴雨竟日，各營(yíng)按兵不動(dòng)，蓄勢(shì)待發(fā)。

十四日，戰(zhàn)斗首先在河上打響，三十多艘太平軍的炮艇駛近，向淮揚(yáng)水師開(kāi)火，水面上頓時(shí)激起條條水柱。程學(xué)啟派洋槍隊(duì)與水師配合，水陸夾攻。在猛烈炮火的壓制下，太平軍的炮艇無(wú)路可走，只得繳械投降。但由于吃過(guò)詐降的虧，淮軍憤恨至極，大肆報(bào)復(fù)，把十九名首領(lǐng)和上百名降兵，統(tǒng)統(tǒng)押到岸邊的樹(shù)叢中殺死。

冷血、殘酷的殺降，就從這時(shí)開(kāi)始，并且愈演愈烈。

十五日，太平軍的各路援軍都已告敗，太倉(cāng)已成一座聳立于硝煙中的孤城?；窜娮詈蟮目偣ラ_(kāi)始了。李鴻章這樣描述戰(zhàn)斗經(jīng)過(guò)：

李鴻章承認(rèn)“圍而殺之”萬(wàn)余人，雖然沒(méi)說(shuō)殺俘、殺降，但性質(zhì)并無(wú)區(qū)別，因?yàn)榛窜娺@次根本不接受投降，也不接受俘虜，一律殺死。太倉(cāng)之屠，比曾國(guó)荃在菱湖殺俘，有過(guò)之而無(wú)不及。這究竟是出于李鴻章的命令，還是前線官兵自作主張的報(bào)復(fù)行動(dòng)，今已無(wú)法確認(rèn)，但李鴻章在奏報(bào)中，無(wú)疑是作為戰(zhàn)功上報(bào)的。

李鴻章寫(xiě)信給曾國(guó)藩說(shuō)：“城賊實(shí)萬(wàn)余人，漏網(wǎng)蓋少，慘劫亦快事也。蔡逆新封會(huì)王，系偽忠王之婿，在賊中著名兇狡。忠賊北行，以蘇浙一帶地方交蔡與慕、聽(tīng)兩王防守，殲此渠魁，亦去一患?！?可見(jiàn)他對(duì)太倉(cāng)之屠頗為得意。后人很難把一個(gè)殺了上萬(wàn)人以后還覺(jué)得“亦快事也”的人，與一個(gè)埋頭案牘校刊《經(jīng)史百家雜鈔》的儒生形象聯(lián)系起來(lái)。這事讓孔夫子來(lái)評(píng)判，亦當(dāng)無(wú)言。

所報(bào)數(shù)字與實(shí)際屠殺人數(shù)相比，顯然有所夸張，這是歷來(lái)寫(xiě)戰(zhàn)報(bào)的慣例。據(jù)說(shuō)，當(dāng)時(shí)李鴻章接獲前線戰(zhàn)報(bào)，興奮地對(duì)劉秉璋說(shuō)：“殺寇數(shù)萬(wàn)人，可以?xún)斘釋⑹恐??！眲⒈澳蛔髀?，李鴻章?wèn)他為什么沉默，劉說(shuō)：“吾方思所見(jiàn)，吾于南門(mén)坡下見(jiàn)一寇逃未出，死于途。他無(wú)所知，不敢誑報(bào)。”李鴻章大笑置之。

諷刺的是，蔡元隆在這次戰(zhàn)斗中，并沒(méi)有被殺死，翌年他在浙江海寧向閩浙總督兼署浙江巡撫的左宗棠投降，更名元吉。左宗棠不僅接納了他，還挑選了八營(yíng)兵勇給他統(tǒng)帶。這成了李鴻章與左宗棠交惡最早的一個(gè)伏因。后來(lái)蔡元隆部在湖州被太平軍殲滅，戰(zhàn)后蔡元隆返回湖南華容老家，成為當(dāng)?shù)馗患?，居然妻妾成群、兒孫繞膝，安享晚年。