1937年7月7日，日本法西斯占領周口店，技工趙萬年、董仲元、蕭元昌不幸被日寇活活殺死。龍骨山，這個閃耀古人類圣潔光環(huán)的殿堂，一度任日寇踐踏，發(fā)掘中斷。1941年12月8日，日軍偷襲珍珠港，美國停泊夏威夷的太平洋艦隊幾乎覆沒。收藏北京人化石的北京協(xié)和醫(yī)學院，亦岌岌可危。翁文灝與醫(yī)學院負責人胡恒德商定三條保護方案：一是將化石運往“陪都”重慶，二是就地掩埋，三是請美國暫時保管。不過，輾轉(zhuǎn)千里奔重慶，戰(zhàn)火紛飛難萬全。就地埋在淪陷區(qū)，也難免發(fā)生意外，覺得送往美國可行。魏敦瑞返美后，化石共裝兩個木箱，先送到協(xié)和醫(yī)學院總務長博文辦公室。王錫熾院長說日軍占領醫(yī)學院第二天，兩個箱子被轉(zhuǎn)至F樓4號保險室內(nèi)，過了一夜就不知去向。

據(jù)傳，博文在11月底將兩箱化石送到美駐華使館，扮成軍人行李，擬由美海軍陸戰(zhàn)隊運至紐約自然歷史博物館。12月5日，專列沿京山線駛向秦皇島，擬送往由上海北駛的美定期航輪哈里遜總統(tǒng)號。因珍珠港事件，專列在秦皇島被日軍堵截。協(xié)和醫(yī)學院醫(yī)生弗利和在秦皇島接收行李的助理軍醫(yī)戴維斯被日軍捕俘，送往天津軍營，兩件“行李”不翼而飛。弗利是運轉(zhuǎn)化石最后一人，戰(zhàn)后一直聲稱不知化石下落。

事隔半年，日本東京大學教授長谷部言人和助教高井冬二，在英文版《 北平新聞 》上稱保存于協(xié)和醫(yī)學院的北京人頭蓋骨被劫。似乎說，日軍并未在秦皇島竊取頭蓋骨。隨即，追尋格外賣力，命侵華司令部偵探錠者繁晴負責。所有參與周口店發(fā)掘人員都受審，竟對裴文中刑訊逼供。走遍北平、天津，一無所獲。一年后，絕望的錠者繁晴剖腹自殺。此前，長谷部言人、高井冬二曾找到裴文中，要看頭蓋骨，裴文中心疑，拒絕。奇怪的是，不久日本人說化石在天津找到。魏敦瑞秘書息式白急往，可還未到天津，日本人就讓她回北平了，并將關押審查的人都放了。如日本人沒得手，怎能輕易放人？若得手，就是“賊喊捉賊”了。

1945年，日本法西斯無條件投降。日方提出一份歸還北京人化石及發(fā)掘工具的清單，唯獨沒有頭蓋骨?？脊艑W家周國興接受中央電視臺劉芳菲采訪時說，北京人頭蓋骨有可能埋在北京、秦皇島、天津一帶某地，還有可能被日本人擄掠。1992年中日復交20周年，我們在日本大阪舉辦“北京猿人”展覽，成立“北京猿人”化石返回委員會，征集線索，但被日本政府阻撓，認為這樣會演變成第二起“慰安婦”事件。我們說你心里如沒鬼怕什么？北京人化石是全人類的財富，我們都有責任、有義務尋找，讓他回歸故里。