4月19日，岑春煊雇了一條日本商船開到肇慶。船上運有一百萬元的軍械（日本村田式六五步槍一萬四千五百支、速射山炮二十門、捷克式重機槍八挺、一大批彈藥）和一百萬的現(xiàn)款，是岑春煊在日本所借。5月1日，在陸榮廷和梁啟超的推動下，獨立各省共推岑春煊為兩廣護國軍都司令、唐繼堯為副都司令。岑春煊發(fā)出討袁通電，電文有“袁世凱生，我必死；袁世凱死，我則生耳”一句，一時在全國風(fēng)傳。

在肇慶成立兩廣護國軍都司令部，官佐如下：

兩廣護國軍都司令：岑春煊

副都司令：唐繼堯

都參謀：梁啟超

副都參謀：李根源

秘書長：章士釗

餉械局長：曾彥

財政廳長：楊永泰

衛(wèi)戍司令：莫榮新

5月8日，兩廣護國軍都司令部根據(jù)獨立各省意見，在梁啟超的策劃下，擴大為護國軍軍務(wù)院，為全國討袁的最高機構(gòu)。不再承認袁世凱為大總統(tǒng)，而是遙尊黎元洪為大總統(tǒng)。軍務(wù)院以唐繼堯為撫軍長，岑春煊為撫軍副長，梁啟超為政務(wù)委員長。蔡鍔、李烈鈞、陸榮廷、劉顯世、龍濟光、梁啟超、陳炳焜等為撫軍。因唐繼堯不能離滇赴粵，由岑春煊攝行撫軍長職權(quán)。軍務(wù)院發(fā)表宣言：“黎公今方陷賊圍，未克躬親職務(wù)，查大總統(tǒng)選舉法第五條第二項定，大總統(tǒng)因故不能執(zhí)行職務(wù)時，以副總統(tǒng)代理之。副總統(tǒng)同時缺席時，由國務(wù)院攝行其職權(quán)。今大總統(tǒng)身猶蒙難，副總統(tǒng)職尚虛懸。國務(wù)院又非俟大總統(tǒng)任命，經(jīng)國會同意后，不能組織。而軍事正亟，應(yīng)當(dāng)求統(tǒng)一之方。且國運方新，尤宜作通籌之計。今由同志等往復(fù)電商，特暫設(shè)一軍務(wù)院直隸大總統(tǒng)，指揮全國軍政，籌辦善后。軍務(wù)院置撫軍若干人，用合議制裁決庶政，其對外交涉，對內(nèi)命令，皆以本院名義行之?！?/p>

軍務(wù)院把云南和兩廣的軍隊編成護國第一至第六軍。

護國第一軍總司令：蔡鍔

護國第二軍總司令：李烈鈞

護國第三軍總司令：莫榮新

護國第四軍總司令：李耀漢

護國第五軍總司令：譚浩明

護國第六軍總司令：林虎