黃夫人病逝兩年后，蔡元培續(xù)娶周養(yǎng)浩女士為妻。蔡先生此時的擇偶標(biāo)準(zhǔn)已很富時代氣息，聲明欲覓的是志同道合的人生伴侶。他極坦誠、務(wù)實，說自己年華已老，且系三娶，所娶者宜為寡婦，或離異之婦，年齡須在三十以上；又云自己諳習(xí)德、法文，欲娶一長英文的室女……蔡元培與周養(yǎng)浩婚后情投意合，詩詞唱和，事業(yè)上相互支持，感情老而彌篤?；楹蟮谑欤迨藲q的蔡元培就第五次踏上了游學(xué)歐洲的旅途。周夫人善畫，親為蔡元培造像。蔡元培題句云：“我相遷流每剎那，隨人寫照各殊科。惟卿第一能知我，留取心痕永不磨。”足見伉儷情深。

蔡元培子女眾多，五男二女。他將畢生心血獻(xiàn)給革命、教育事業(yè)，子女的教育、撫養(yǎng)全賴夫人操持。1901年，蔡元培在上海南洋公學(xué)任特班生總教習(xí)。次年冬，南洋公學(xué)第五班學(xué)生因批評時政與學(xué)校當(dāng)局發(fā)生矛盾，引發(fā)全體罷課以至退學(xué)。學(xué)生們共戴蔡元培、吳稚暉等主持的中國教育會能自立學(xué)校（即革命雛形愛國學(xué)社）予以接納。學(xué)生退出南洋公學(xué)后，食宿無著。蔡元培自告奮勇到南京去游說借貸；而此時他的長子阿根正患重病，生命垂危，他無暇顧及。當(dāng)吳稚暉等師生到碼頭為蔡元培送行正揮手告別時，蔡家傭人急急趕來：“先生，大少爺不行了，快回家！”白發(fā)人送黑發(fā)人，何等悲哀！蔡元培心如刀絞，仍含淚登船赴程。三天后蔡元培借得六千元回滬，愛國學(xué)社終于成立，解了眾多學(xué)生的燃眉之急。時人稱譽蔡元培的清德高尚、愛生勝子，那是名副其實的。