胡佛在擔(dān)任聯(lián)邦調(diào)查局局長(zhǎng)期間，為打擊美國(guó)犯罪活動(dòng)做出了很大的努力，在打擊黑社會(huì)組織和搶劫犯罪團(tuán)伙方面，在收集情報(bào)和反間諜活動(dòng)方面，都取得了一些成績(jī)，獲得了美國(guó)公眾的好評(píng)。比如在二戰(zhàn)期間的1942年，德國(guó)派遣到美國(guó)的8名間諜就一舉被美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局抓獲。

但是美國(guó)的許多批評(píng)者認(rèn)為，胡佛的行為已經(jīng)超出了聯(lián)邦調(diào)查局的職責(zé)范圍。如，他利用聯(lián)邦調(diào)查局調(diào)查與騷擾政治異見(jiàn)者和政治活動(dòng)分子，使用非法手段收集整理政治領(lǐng)袖的秘密檔案，被聯(lián)邦調(diào)查局秘密調(diào)查的疑似顛覆者和激進(jìn)人士達(dá)數(shù)萬(wàn)人。

1945年，美國(guó)政府以美國(guó)國(guó)內(nèi)工人頻繁發(fā)動(dòng)罷工是因?yàn)楣?huì)被共產(chǎn)黨滲透為由，在全國(guó)開(kāi)展了清除美國(guó)國(guó)內(nèi)的所謂共產(chǎn)主義意識(shí)形態(tài)的行動(dòng)。美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局趁機(jī)對(duì)一些媒體進(jìn)行了查抄，并逮捕了一些編輯。從1947年12月開(kāi)始，杜魯門政府在美國(guó)進(jìn)行所謂“忠誠(chéng)調(diào)查”，大約有2000多萬(wàn)美國(guó)人受到聯(lián)邦調(diào)查局的審查。令人啼笑皆非的是，美國(guó)學(xué)校的教師在上課時(shí)，必須咒罵前蘇聯(lián)和共產(chǎn)主義，以表明自己的政治立場(chǎng)；參加角逐美國(guó)小姐的候選人，必須陳述她們對(duì)卡爾·馬克思的看法。在朝鮮戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)時(shí)，胡佛向杜魯門總統(tǒng)提交了一份有1.2萬(wàn)名對(duì)美國(guó)不忠的嫌疑人名單。

20世紀(jì)50年代初，名噪一時(shí)的美國(guó)參議員麥卡錫，在胡佛的支持下，把反共運(yùn)動(dòng)推向了高潮。在麥卡錫的煽動(dòng)下，包括史沫特萊在內(nèi)的美國(guó)75位作家的書(shū)籍被列為禁書(shū)，連馬克·吐溫的作品也被列入“危險(xiǎn)書(shū)籍”，美國(guó)一些城市和學(xué)校的圖書(shū)館紛紛查禁或焚毀“任何可疑的書(shū)籍和雜志”，甚至包括愛(ài)因斯坦的《相對(duì)論》，被剔除的書(shū)籍總數(shù)約200萬(wàn)冊(cè)。中國(guó)人民的老朋友埃德加·斯諾在“麥卡錫主義”的迫害下，不得不離開(kāi)美國(guó)前往瑞士定居。一批電影界和文藝界的人士受到聯(lián)邦調(diào)查局的審查或被逮捕，著名演員卓別林被從美國(guó)掃地出門。

由于美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局對(duì)愛(ài)因斯坦贊同共產(chǎn)主義理想、支持民權(quán)運(yùn)動(dòng)感到不安，特別擔(dān)心愛(ài)因斯坦這樣的名人批評(píng)美國(guó)政府在社會(huì)上產(chǎn)生的負(fù)面影響，美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局對(duì)愛(ài)因斯坦進(jìn)行了嚴(yán)密的監(jiān)視。為了找到把愛(ài)因斯坦驅(qū)逐出境的罪證，秘密建立了愛(ài)因斯坦長(zhǎng)達(dá)1400多頁(yè)的檔案，上面記錄著美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局調(diào)查愛(ài)因斯坦的各項(xiàng)內(nèi)容。

另一方面，為了阻止在美國(guó)的一些華人科學(xué)家回國(guó)參加新中國(guó)的建設(shè)，美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局千方百計(jì)陷害想要回國(guó)的這些人員。美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局非法拘留錢學(xué)森，不讓錢學(xué)森離開(kāi)美國(guó)，并派遣特工闖入錢學(xué)森研究室及住宅進(jìn)行破壞行動(dòng)，就是典型的例子。

聯(lián)邦調(diào)查局的調(diào)查手段包括滲透、監(jiān)視、竊聽(tīng)、偽造文件和散布針對(duì)目標(biāo)的謠言，乃至使用暴力和謀殺。

1961年7月2日，美國(guó)著名作家海明威因不堪忍受美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局長(zhǎng)期對(duì)他的監(jiān)視，在家中開(kāi)槍自盡。

美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局對(duì)外國(guó)外交官和其他外國(guó)人員的監(jiān)視活動(dòng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)早于美國(guó)國(guó)家安全局。美國(guó)《外交政策》雜志報(bào)道，在2006年至2009年期間，在美國(guó)首都華盛頓西北部中國(guó)新大使館建設(shè)工地上，每天都有直升機(jī)在上空盤旋，拍攝中國(guó)新大使館建筑工地的照片。這些直升機(jī)就隸屬于聯(lián)邦調(diào)查局，目的是為了確定中國(guó)大使館的通信中心位置。針對(duì)美方的監(jiān)視行為，中方建筑人員用帆布將工地蒙了起來(lái)。