近年，他在大陸累計(jì)出版了《華夏邊緣—?dú)v史記憶與族群認(rèn)同》（社會(huì)科學(xué)文獻(xiàn)出版社，2006）、《楚鄉(xiāng)悲歌：項(xiàng)羽傳》（廣西師范大學(xué)出版社，2007）、《羌在漢藏之間—川西羌族的歷史人類學(xué)研究》（中華書局，2008）和《游牧者的抉擇：面對漢帝國的北亞游牧部族》（廣西師范大學(xué)出版社，2009）、《尋羌：羌鄉(xiāng)田野雜記》（中華書局，2009）、《英雄祖先與弟兄民族：根基歷史的文本與情境》（中華書局，2009）。此間，王明珂還整理出版了史語所前輩黎光明、王元輝合著的《川西民俗調(diào)查記錄1929 》（原名為《川康民俗調(diào)查報(bào)告》）。

王明珂試圖建立一種歷史知識(shí)，讓當(dāng)下所有的漢族與少數(shù)民族都對自身在歷史上的存在有深入了解，從而知道如何珍惜及改進(jìn)社會(huì)現(xiàn)實(shí)，進(jìn)而讓整個(gè)體系具有自我調(diào)節(jié)的功能。但以“歷史記憶”來研究族群認(rèn)同與歷史的努力也招致了懷疑：有臺(tái)灣史學(xué)前輩質(zhì)疑，“歷史怎么會(huì)是人們想什么就是什么”；也有人類學(xué)者不認(rèn)為王明珂研究的是歷史人類學(xué)，因?yàn)椤拔鞣綒v史人類學(xué)者沒研究這些問題”。王明珂在羌寨多次聽到“毒藥貓”（一般指有毒、有巫術(shù)的人，多為女性）的傳說，他發(fā)現(xiàn)這事實(shí)上是人們創(chuàng)造的一個(gè)內(nèi)部敵人，作為代罪羔羊以化解群體內(nèi)部的緊張與敵對，這是人類凝聚我族的慣用伎倆。王明珂想創(chuàng)作一套完整的“毒藥貓理論”，同時(shí)，他自己無懼于各學(xué)科的主流權(quán)威，寧愿做一個(gè)有主動(dòng)穿越、破壞邊界能力的毒藥貓。