此時的孔祥熙已不再是當(dāng)年那個翩翩少年了。自美歸國后，他借天時、地利、人和等三種大勢，在仕途上平步青云，已身居南京國民政府工商部部長要職。當(dāng)孔氏與滿臉皺紋的麥美德相會后，突然從記憶深處喚醒了自己美好的回憶，可謂別有一番滋味在心頭。當(dāng)麥美德提出自己赴京的使命時，孔氏真誠地滿口答應(yīng)。于是，在孔祥熙的直接過問下，1931年12月，南京國民政府教育部批轉(zhuǎn)山東省教育廳呈文，準(zhǔn)予齊魯大學(xué)立案，承認(rèn)其正式的合法地位。功績赫赫的孔祥熙就這樣擔(dān)任了該校的名譽校長。

“立案”后的齊魯大學(xué)，算是獲得了新的生命。校方抖起精神，以雄厚的美金作后盾，廣泛擴充校舍規(guī)模，聘請儒林名流前來任教，入校學(xué)生驟然增多，各系、科和課程設(shè)置日臻完備。與此同時，還仿效國內(nèi)幾所著名大學(xué)，成立了以弘揚、研究中國民族文化為主旨的國學(xué)研究所，開設(shè)鐘鼎文、文字學(xué)、音韻學(xué)、古代文選、美學(xué)、考古等課程。為了與國內(nèi)其它幾所著名大學(xué)的國學(xué)研究院（所）抗衡，齊魯大學(xué)專門把曾在河南安陽傳教多年的加拿大籍牧師明義士（James Mellon Menzies）調(diào)到齊大任教授，讓其在國學(xué)研究所從事研究，開講考古學(xué)課程。明義士號稱是博學(xué)多聞的“中國通”，對中國文化有著癡迷的情結(jié)和強烈的占有欲望。他在安陽傳教期間，借中國時局動蕩不安的時機，混水摸魚，常騎一匹老白馬往來于洹水岸邊，在傳經(jīng)布道的幌子下，大量搜求中國古代文物，僅收購、收藏殷墟甲骨就達5萬多片，這些古物大部分被偷運出境，入藏加拿大多倫多皇家博物館專為其開設(shè)的“明氏收藏專室”。來不及運走的文物，一部分折價賣于齊魯大學(xué)國學(xué)研究所。抗戰(zhàn)軍興，明義士把一部分甲骨偷偷深埋入齊大的住宅底下，秘而不宣。直到抗戰(zhàn)結(jié)束，經(jīng)過幾番周折，這批寶物才重見天日。

1945年8月，日本投降，齊大師生陸續(xù)返校，經(jīng)過整修，學(xué)校于當(dāng)年10月1日正式在濟南復(fù)校。1947年上半學(xué)期的在校學(xué)生為442名，其中文學(xué)院105名、理學(xué)院123名、醫(yī)學(xué)院203名、醫(yī)事檢驗技術(shù)專修科11名，教職員工70人。1948年濟南解放前夕，在部分師生的操縱下，齊大曾將部分人員和教學(xué)物資南遷，醫(yī)學(xué)院被遷往福州。濟南解放后1951年齊大被人民政府接管。1952年9月，隨著全國院校調(diào)整，齊魯大學(xué)被解體撤銷——神學(xué)院和國學(xué)研究所撤銷，文理學(xué)院所屬系科劃歸青島山東大學(xué)（今山東大學(xué)）、南京大學(xué)和山東師范學(xué)院（今山東師范大學(xué)），農(nóng)業(yè)?？苿潥w山東農(nóng)學(xué)院（今山東農(nóng)業(yè)大學(xué)），保留其醫(yī)學(xué)院更名為山東醫(yī)學(xué)院，校址由山醫(yī)接收，今為山東大學(xué)西校區(qū)。聲名顯赫，盛極一時的齊魯大學(xué)僅存在了短短的48個春秋便宣告壽終正寢，校園的師生如打散的群鳥，各奔東西，身后留下了一幢幢典雅、古樸、大方，充滿了異國風(fēng)情的校舍建筑供后人憑吊。